Lozan Konferansı sırasında imzalanan protokolün hükümleri gereği Türkiye’de yaşayan Rumlar ile Yunanistan’da yaşayan Müslümanlar, nüfus mübadelesine tabi tutulmuştur. Ancak karşılıklı olarak, İstanbul, Gökçeada ve Bozcaada Rumları ile Batı Trakya Türkleri nüfus mübadelesinden muaf tutulmuşlardı. Bu muafiyet nedeni ile İstanbul’da önemli sayıda bir Rum nüfusunun varlığı devam etmekteydi.
1955 yılında Türkiye gündeminin en önemli konusu Kıbrıs meselesi idi. İngilizler, 1954 yılında Yunanistan’ın Kıbrıs’a kendi kaderini tayin etme hakkı verilmesi talebini Birleşmiş Milletlere taşıması üzerine Rumların Yunanistan’a bağlanmak istemesi (Enosis) ve terör faaliyetleri nedeni ile zor zamanlar geçirmekteydiler.
Türkiye’de ise EOKA çetelerinin İngilizlerle birlikte Türklere de saldırıları kamuoyunda infiale sebep olmaktaydı. Basının da etkisi ile Kıbrıs’ta yaşananlar, Yunanistan’a ve Rum kökenli vatandaşlara karşı kamuoyunda var olan olumsuz havayı daha da artırmıştı.
5 Eylül 1955 gecesi Selanik’te Atatürk’ün evinin yakınlarında bir bomba patlamıştı. Türkiye’de ise olay 6 Eylül günü radyonun 13:00 bülteninden öğrenilecekti. Aynı gün, İstanbul Express gazetesinin saat 16:00’da özel baskısında yer alan ‘Atamızın Evi Bomba ile Hasara Uğradı’ başlıklı haberi hadisenin geniş kitlelerce duyulmasına yol açmıştı.
Başlangıçta üniversite öğrencilerinin ön planda olduğu gösteriler, kim oldukları ve nereden geldikleri hala tartışılan grupların da katılımı ile kontrolden çıkmış, başta İstiklal Caddesi olmak üzere Rumların yoğun olarak yaşadıkları yerlerde saldırı ve yağma olaylarına dönüşmüştü. İstanbul’un gecekondu bölgelerinden, yakın illerden gelenlerin ve o dönem Bulgaristan ve Yugoslavya’dan gelen göçmenlerin de içinde bulunduğu gruplar saldırıları gerçekleştiriyorlardı. Çoğunluğu Rumlara ait olmak üzere diğer gayrimüslim gruplar ve bazı zengin Türklerin de aralarında bulunduğu kişilere ait pek çok işyeri, kilise, ev ve araba bu olaylar sırasında tahrip edilmiş veya yağmalanmıştı. Bununla birlikte başta İzmir olmak üzere Rumların yaşadığı yerlerde de benzer olaylar meydana gelmekteydi.
İstanbul’daki olayların büyüdüğünü Ankara’ya giderken öğrenen dönemin Başbakanı Adnan Menderes ve dönemin Cumhurbaşkanı Celal Bayar’ın talimatları ile İstanbul’da sıkıyönetim ve sokağa çıkma yasağı ilan edilmişti. Askerî birliklerin müdahalesi ile İstanbul’daki olaylar gece yarısı kontrol altına alınmıştı.
Çeşitli kaynaklara göre 4340 dükkan, 2000 kadar ev, aralarında kilise, fabrika, okul ve otellerinde bulunduğu yüzlerce mekân olaylar sırasında zarar görmüştü.
